מגמת הטיפול בילדים ונוער נותנת מענה נרחב לטיפול במגוון הפרעות אצל ילדים ונוער בכל הגילאים.
מושם דגש על טיפול בדיכאון ובחרדה אצל ילדים, בהפרעות קשב וריכוז, בהפרעות אכילה, בהפרעות התנהגות במיומנויות חברתיות ועוד.
תוכנית הלימודים עוסקת במגוון רחב של הפרעות קליניות אצל ילדים לכל אורכה.
בשנה הראשונה הלימודים ברובם נותנים את הבסיס התיאורטי והמעשי של הגישה הקוגניטיבית התנהגותית תוך עבודה התנסותית אישית של התלמידים והן על טיפולים בילדים ובנוער בפועל.
במהלך אותה שנה יושם דגש מיוחד על טיפול בילדים בקורס המבוא לטיפול התנהגותי, בהמשך קבוצות התרגול יחולקו בשנה הראשונה לפי תחומי עיסוקם של המשתתפים כך שקבוצות תרגול ובהן תלמידים המטפלים בילדים יעבדו יחד תוך דגש על תחומי עיסוקם
בשנה השנייה, יורחב הדגש על טיפול בילדים במיוחד בסמסטר הראשון בחלק המוקדש כולו לילדים.
יושם דגש על טיפול בהפרעות חרדה ודיכאון מגוונות אצל ילדים, תהיה התייחסות בולטת לטיפול בהפרעות אכילה בעיקר אצל מתבגרות, נעסוק טיפול בהפרעות התנהגות אצל ילדים ובטיפול התנהגותי קוגניטיבי בהפרעות קשב וריכוז.
בנוסף יושם דגש מיוחד על שילוב של REBT בטיפול בילדים ומתבגרים
בנוסף המשתתפים מחויבים לטפל לפחות בשמונה מקרים של מטופלים ילדים ולקבל הדרכה של לפחות 52 שעות ממדריכים מוכרים באיט"ה המתמחים בטיפול בילדים